8月13日下午，中國科學院上海營養(yǎng)與健康研究所所級科學數(shù)據(jù)中心舉辦了“人體微生物組數(shù)據(jù)分析和可視化”培訓，旨在幫助科研人員了解和掌握相關(guān)技術(shù)和工具，以提升自身生物信息分析能力。本次培訓由中心資深工程師李強擔任主講人，其為中心微生物組學分析云平臺（integrated Microbiome Analysis Cloud，簡稱iMAC）負責人，主要研究方向為微生物組學云分析流程開發(fā)及搭建、大數(shù)據(jù)分析算法開發(fā)等。
李強首先向?qū)W員們介紹了人體微生物組的研究進展。近年來，腸道微生物組研究領(lǐng)域迅速發(fā)展，學術(shù)文獻數(shù)量和研究資金投入均大幅增加，推動該領(lǐng)域進入了黃金時代。飲食與腸道微生物組的相互作用研究取得了顯著進展，個性化營養(yǎng)策略逐漸興起，為代謝性疾病、免疫性疾病等多種疾病的治療和管理提供了全新的思路。隨后，他介紹了微生物組學的研究實踐，包括如何獲得樣品序列信息及測序結(jié)果的解讀等。最后，他詳細介紹了微生物組學分析云平臺，該平臺是微生物組學數(shù)據(jù)一站式分析平臺，訪問地址為https://www.biosino.org/iMAC。
培訓過程中，李強以16S rRNA流程為例，帶領(lǐng)學員們詳細操作了iMAC平臺。現(xiàn)場演示引導學員們積極參與，并進行了深入的交流和討論。此次培訓不僅使學員們對微生物組的應(yīng)用有了更深入的了解，還掌握了iMAC平臺的實際操作。這將進一步提升學員們對所級科學數(shù)據(jù)中心提供的常規(guī)生物信息分析服務(wù)的了解，為科學研究工作提供有力支持。
營養(yǎng)與健康所所級科學數(shù)據(jù)中心將持續(xù)舉辦相關(guān)主題的培訓活動，以幫助更多的科研人員了解中心提供的保全、保供、增值、定制等四類服務(wù)。同時，所級科學數(shù)據(jù)中心還設(shè)計了相關(guān)的調(diào)研問卷（詳見文末二維碼），誠邀科研人員提出寶貴的意見和建議，以便進一步優(yōu)化和提升服務(wù)質(zhì)量。通過與科研人員的積極互動和反饋，中心將不斷改進服務(wù)流程，提升技術(shù)支持質(zhì)量，為進一步滿足科研需求提供更加優(yōu)質(zhì)的服務(wù)。
李強工程師作培訓報告
關(guān)于iMAC平臺：
iMAC是一個集成的、公開免費且友好的微生物組分析云平臺，旨在系統(tǒng)、全面地分析16S rRNA擴增子和宏基因組的原始數(shù)據(jù)。用戶只需要上傳數(shù)據(jù)，選擇感興趣的流程，并根據(jù)需求靈活調(diào)整默認參數(shù)，任務(wù)就會自動提交到云端進行處理，最終結(jié)果以在線交互式圖形和詳細PDF報告等文件呈現(xiàn)。iMAC平臺支持的分析流程包括：16S rRNA 流程、mWGS-reads流程、mWGS-MAG流程和mWGS-assembly流程。此外，iMAC還提供用于進一步分析的高級工具。 16S rRNA流程基于Qiime2，主要包括物種多樣性研究、差異菌群研究和差異功能研究。
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