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齊美芳

齊美芳

博士
癌癥基因組學(xué)研究組組長

郵箱: mfqi@sinh.ac.cn

電話: +86-21-54920233

研究組主頁: https://qimeifanglab.github.io

所屬部門: 中國科學(xué)院計算生物學(xué)重點實驗室

個人簡歷

2023-至??今:中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所,研究員

2019-2023年: 美國麻省總醫(yī)院,博士后

2013-2019年: 中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院,遺傳學(xué)博士

2009-2013年: 華東理工大學(xué),生命科學(xué)學(xué)士

研究方向

組學(xué),生物信息,染色體變異


研究內(nèi)容

通過開發(fā)和整合各種組學(xué)技術(shù),實驗室聚焦于分析基因組變異對癌癥等疾病的影響;分析癌癥性別差異的分子機理以及探索可能的治療方案。

主要的研究方向為:

(1)整合多種組學(xué)數(shù)據(jù),分析Y染色體丟失對癌癥以及克隆性造血進程的影響;

(2)通過基因組變異以及轉(zhuǎn)錄組等數(shù)據(jù),分析癌癥中不同性別差異的分子機理;

(3)探索癌癥新型治療方案和開發(fā)新藥;

(4)開發(fā)二代測序以及單細胞測序染色體變異相關(guān)的計算方法,衡量染色體變異的進化以及對疾病的影響。

代表論著(#第一作者,*通訊作者)

1. Qi M, Pang J, Mitsiades I, Lane AA, Rheinbay E*. Loss of chromosome Y in primary tumors. Cell 2023 Jul;186(14):3125-3136.e11.

2. Rheinbay E, Qi M, Bouyssou JM, Oler AJ, Thumm L, Makiya M, et al. Genomics of PDGFR-rearranged hypereosinophilic syndrome. Blood Advances 2023 Jun 13;7(11):2558-2563.

3. Qi M, Nayar U, Ludwig LS, Wagle N, Rheinbay E*. cDNA-detector: detection and removal of cDNA contamination in DNA sequencing libraries. BMC Bioinformatics 2021 Dec;22(1):611.

4. Qi M#, Li Z#, Liu C, Hu W, Ye L, Xie Y, Zhuang Y, Zhao F, Teng W, Zheng Q, Fan Z, Xu L, Lang Z, Tong Y, Zhang Y*. CGT-seq: epigenome-guided de novo assembly of the core genome for divergent populations with large genome. Nucleic Acids Res 2018 Oct 12;46(18):e107.

5. Wang J#, Qi M#, Liu J#, Zhang Y*. CARMO: a comprehensive annotation platform for functional exploration of rice multi-omics data. Plant J 2015 Jul;83(2):359-374.

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